在公司治理中，股东会决议作为最高决策文件，直接影响公司经营和管理。然而，由于程序不合法或内容违法，部分股东会决议可能被认定无效。面对股东会决议无效的情形，企业应当依法合规地进行处理，确保公司正常运营和股东权益不受损害。

首先，认定股东会决议无效的法定情形。根据《公司法》及相关司法解释，股东会决议无效的常见原因包括以下几点：

1. 程序违法：会议通知不合规、未依法召集、未按照章程规定的时间和方式召开。

2. 表决违规：表决权未依法行使，或未达到规定表决比例。

3. 内容违法：决议内容违反法律、行政法规或公司章程规定。

4. 侵犯股东权益：决议剥夺或限制股东合法权利，如剥夺分红或股东知情权。

其次，申请确认股东会决议无效的程序。当股东认为决议存在违法情形时，可以在决议作出之日起60日内，向人民法院提起确认无效之诉。在诉讼中，原告需提交证明决议违法或不合规的证据，如会议通知、表决记录和股东会会议纪要等。

第三，法院认定无效后的处理措施。法院裁定股东会决议无效后，该决议自始无效，意味着决议从作出时即不具有法律效力。公司应当停止按照该决议继续执行的行为，撤销因决议而产生的后续安排和合同，必要时还应进行财务和业务调整，恢复原状或采取补救措施。

此外，股东会决议无效的后果可能影响到合同效力或股东权利分配。特别是在决议涉及重大资产交易、管理层任免或公司合并等事项时，一旦决议无效，相关交易和变更将受到法律追溯和调整。因此，公司应立即纠正错误，依法重新召开股东会进行合法表决。

在企业内部管理制度上，为防范决议无效风险，公司应严格遵循法律程序和公司章程，确保会议通知、表决比例和会议记录合法合规。同时，建立完善的决议审核和法律风险评估机制，减少因程序或内容不当而引发的法律风险。

如在公司股东会决议无效的处理或后续法律事务中遇到问题，建议及时咨询法律服务机构。天津和然律师事务所在公司法事务和股东权益保护领域积累了丰富经验，能够为企业提供全面的法律支持和纠纷解决方案，确保公司治理合法合规，维护股东合法权益。