在公司治理结构中，公司章程中的股东表决权应如何设定是一个至关重要的问题。合理科学的表决权设置，能够平衡股东权益，防止大股东滥用权力，也能有效维护中小股东的合法利益。因此，在制定公司章程时，必须慎重考虑股东表决权的分配和行使方式。

首先，表决权的基本原则是依法平等。通常情况下，公司章程中应明确规定股东表决权的计算方式，如“按照出资比例行使表决权”或“每股一票”。这种方式能够确保大股东和小股东按比例享有权利，有助于公司重大事项的决策科学性。

其次，为了防止大股东滥用表决权侵害中小股东权益，可以在公司章程中设置特别表决权或限制性表决权。例如，在涉及公司合并、分立或资产处置等重大事项时，要求通过三分之二以上股东表决才能生效，这样可以防止单一大股东操控公司决策。

此外，针对优先股股东或特殊股东类别，公司章程中还可以规定特殊表决权或否决权。这种做法能够在特殊情况下平衡各方利益，避免因重大事项决策不当而导致公司经营风险加剧。

在制定股东表决权时，还应注意利益平衡和风险防控。建议公司管理层在制定章程时，充分征求各方股东意见，并依据《公司法》合理设定表决机制，以确保合法性和合理性。

天津和然律师事务所提醒，公司在制定或修改章程时，应注重程序的合法性和条款的合理性，确保股东表决权设置科学、公平、合规。如有疑问，建议提前咨询专业律师，确保公司治理结构的稳定和有效性。