企业并购作为商业发展中的重要战略，既能带来业务扩张和资源整合的机会，也潜藏着法律风险和权益纠纷。在并购过程中，如何有效保护企业的合法权益是每个企业管理者必须重视的问题。以下是一些实用的法律策略，帮助企业在并购中做好权益保护。

首先，进行尽职调查是保护合法权益的第一步。在并购前，企业需要全面核查目标公司的财务状况、债务负担、合同义务、知识产权归属等关键信息。通过律师和专业机构的协助，确保信息的真实性和完整性，避免因隐性债务或法律纠纷而导致并购失败或后续法律风险。

其次，签订明确的并购协议是保护权益的核心手段。在协议中，需详细规定资产交割、债务承接、股权变更及违约责任等关键条款，确保双方权利义务明确。特别是针对或有债务和潜在纠纷，应通过附加条款或保证条款进行约束，降低并购后的法律风险。

第三，知识产权保护也是企业在并购中不能忽视的重要环节。在并购协议中明确约定知识产权的归属和使用权，尤其是涉及专利、商标、技术机密等核心资产时，应当有明确的保护措施，避免因权属不清而引发侵权纠纷。

此外，完善员工安置和劳动合同变更也是合法权益保护的重要部分。并购过程中，原公司员工的劳动权益可能受到影响，应妥善处理劳动合同转让和补偿问题，确保员工合法权益得到维护，减少因劳动纠纷带来的潜在风险。

天津和然律师事务所提醒企业管理者，在并购交易中应当保持谨慎态度，充分运用法律手段和专业咨询服务，确保在并购操作中的每个环节都符合法律规定。这不仅能够降低法律风险，还能确保企业资产和权益的稳健传承。